氧化性殺菌劑可以使蛋白質變性,而細菌的外殼通常就是一層蛋白質,蛋白質變性后將導致細菌的死亡.

非氧化性殺菌劑又分為離子型和非離子型.

非離子型殺菌劑主要是靠滲透到細菌體內或者在水中水解后與細菌的某些組分形成絡合物沉淀來達到殺滅或抑制細菌的目的.主要有：醛類,如甲醛、戊二醛；氯代酚類及其衍生物：有機錫化合物；異噻唑啉酮類等

根據殺菌劑在水中帶電的正負性.離子型殺菌劑大致可分為陽離子型殺菌劑、兩性離子殺菌劑和陰離子型殺菌劑.

季銨鹽作為普通和有效的陽離子殺菌劑之一,由于其疏水基團含有水溶性基團,提高了季胺鹽在水中的分散度,增加了表面活性,加強了殺菌劑在細菌體內的吸附作用,阻止了細菌的呼吸和糖酵解作用.季胺鹽也能使蛋白質變性,使氯和磷化合物從細胞內滲出而導致細胞死亡.

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